Analyse génomique de Caldicoprobacter algeriensis TH7C

Abstract

Cette étude vise à analyser le génome complet d'une souche bactérienne, TH7C1, Une bactérie anaérobie thermophile (souche TH7C1) a été isolée de la source chaude hydrothermale de Guelma, dans le nord-est de l'Algérie , afin de détecter la présence de gènes intervenant dans la promotion de la croissance des plantes et ayant un impact sur les pertes importantes dans la sécurité alimentaire due à l'activité antagoniste contre les agents pathogènes des plantes. L'analyse taxonomique du génome a confirmé l'appartenance de la souche TH7C1 à une nouvelle espèce bactérienne, Caldicoprobacter algeriensis. Dans cette démarche, le génome de la souche TH7C1 a été analysé à plusieurs niveaux à l'aide de différents outils informatiques pour étudier les gènes liés aux catégories fonctionnelles (COG) via une annotation génique à l'aide du serveur RAST, puis une identification génique par le programme Prokka. Cela a permis de découvrir et d'identifier les gènes liés aux mécanismes de promotion de la croissance des plantes et de lutte biologique. De plus, la recherche des groupes géniques responsables du métabolisme secondaire a été réalisée à l'aide de l'outil d'analyse bioinformatique antiSMASH. Les résultats de l'analyse génétique de la souche TH7C1 ont révélé la présence de nombreux gènes contribuant à la tolérance au stress, tels que des gènes codant pour des enzymes et des composés antioxydants, ainsi que pour la production de radicaux libres du type superoxyde dismutase (SOD), peroxydases (POXs), et catalase (CAT). De plus, plusieurs gènes liés à des caractéristiques favorisant la croissance des plantes ont été identifiés, comme la solubilisation du phosphate organique, la production d'hormones végétales et l'absorption du fer. En conclusion, les résultats obtenus soulignent l'importance de la souche TH7C1 en tant que candidat prometteur pour la promotion de la croissance des plantes et la contribution à la sécurité alimentaire.